Το Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών προσφέρει Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών, τα οποία καλύπτουν ένα ευρύ φάσμα επιστημονικών αντικειμένων, όπως η φυτική και ζωική παραγωγή, το περιβάλλον, η γεωργική μηχανική, η οινολογία, η διαχείριση φυσικών πόρων, τα τρόφιμα και η διατροφή, η δημόσια υγεία, η βιοτεχνολογία, καθώς και η οργάνωση και διοίκηση επιχειρήσεων και η αγροτική οικονομία.